Ołtarz główny bazyliki, wykonany z drewna i złocony, powstał w 1623 roku.
W części centralnej znajduje się obraz „Ukoronowanie Najświętszej Marii Panny” słynnego Hermana Hana - nadwornego malarza króla Zygmunta III Wazy.
W ołtarzu głównym znajduje się relikwiarz zawierający relikwie opatrzone napisami m.in. św. Pawła, Maurycego, Jerzego, Barbary, Błażeja, 40 męczenników, 11 tysięcy towarzyszek św. Urszuli.
